Description
Slides of the presentation given on June 08, 2022 as part of the NFDI ToolTalk series. The presentation follows up on the status reached after one and a half year into DataPLANT services discussions and developments. It will show the general concept and the already implemented services and how they could fit into either local or centralized research infrastructures. In the future these services may run on-top of future NFDI base services or integrate NFDI base service components like AAI. DataPLANT services might as well be offered to a wider community beyond fundamental plant research.
Chemotion ELN ErklärvideosChemotion ELN Erklärvideos Chemotion[1] ist ein Open-Source-System für die Speicherung und Verwaltung von Experimenten und Moleküldaten in der Chemie und deren angrenzenden Wissenschaften. Dabei besteht das System hauptsächlich aus zwei Komponenten: dem elektronischen Laborjournal (electronic laboratory notebook, ELN) Chemotion ELN[2] zur Eintragung und Auswertung von Experimenten und deren Analytik-Daten und dem Chemotion-Repositorium[3,4] zur Veröffentlichung dieser. Durch die Verknüpfung des ELNs mit dem Repositorium können Einträge einfach aus dem Laborbuch transferiert werden. Daten werden inklusive ihrer maschinenlesbaren Metadaten in dem Repositorium unter Open-Access-Bedingungen veröffentlicht und erfüllen somit die FAIR-Data-Prinzipien (findable, accessible, interoperable, reusable).[5] Diese dienen als Grundlage für nachhaltiges Datenmanagement im Rahmen der guten wissenschaftlichen Praxis.[6] Zur Nutzung von Chemotion und zur Erläuterung der grundlegenden Funktionen haben wir Erklärvideos erstellt, die Neulingen den Einstieg in das ELN erleichtern sollen. Diese Videos umfassen wichtige Themen von der Erstellung von Molekülen, über die Auswertung von Analytik-Daten, bis hin zum Teilen von Einträgen. Die Videos sind dabei in verschiedene Themenblöcke aufgeteilt und befassen sich jeweils mit konkreten Funktionen. Die Struktur der Themenblöcke und Videos können dem PDF-Dokument in diesem Zenodo-Eintrag entnommen werden. Wir bitten zu beachten, dass grau hinterlegte Videos in diesem Dokument erst in späteren Versionen des Eintrags zur Verfügung stehen werden. Chemotion ELN Erklärvideos auf YouTube Die Erklärvideos gibt es zusätzlich auch auf Chemotions YouTube Channel: https://www.youtube.com/playlist?list=PL1AonKd9WAd8n8YPXxMaGLQ5ad8PdR3OC Danksagung Die Autoren danken Nicole Jung für weiterführende Erklärungen zu den Funktionen von Chemotion und die Hilfe bei der Erstellung und Überarbeitung der Videos. Weiterhin danken die Autoren Anna Manukânc für die Hilfe bei der konzeptionellen Entwicklung der Videos. Literatur [1] Chemotion. https://chemotion.net/ (accessed 02/19/2023). [2] Tremouilhac, P., Nguyen, A., Huang, Y.-C., Kotov, S., Lütjohann, D. S., Hübsch, F., Jung, N., Bräse, S., J. Cheminform. 2017, 9, 54. [3] Tremouilhac, P., Lin, C.-L., Huang, P.-C., Huang, Y.-C., Nguyen, A., Jung, N., Bach, F., Ulrich, R., Neumair, B., Streit, A., Bräse, S., Angew. Chem. Int. Ed. 2020, 59, 22771-22778; Angew. Chem. 2020, 132, 22960-22968. [4] Tremouilhac, P., Huang, P.-C., Lin, C.-L., Huang, Y.-C., Nguyen, A., Jung, N., Bach, F., Bräse, S., Chemistry–Methods 2021, 1, 8-11. [5] Wilkinson, M. D., Dumontier, M., Aalbersberg, I. J., Appleton, G., Axton, M., Baak, A., Blomberg, N., Boiten, J.-W., da Silva Santos, L. B., Bourne, P. E., Bouwman, J., Brookes, A. J., Clark, T., Crosas, M., Dillo, I., Dumon, O., Edmunds, S., Evelo, C. T., Finkers, R., Gonzalez-Beltran, A., Gray, A. J. G., Groth, P., Goble, C., Grethe, J. S., Heringa, J., ’t Hoen, P. A. C., Hooft, R., Kuhn, T., Kok, R., Kok, J., Lusher, S. J., Martone, M. E., Mons, A., Packer, A. L., Persson, B., Rocca-Serra, P., Roos, M., van Schaik, R., Sansone, S.-A., Schultes, E., Sengstag, T., Slater, T., Strawn, G., Swertz, M. A., Thompson, M., van der Lei, J., van Mulligen, E., Velterop, J., Waagmeester, A., Wittenburg, P., Wolstencroft, K., Zhao, J., Mons, B., Sci. Data 2016, 3, 160018. [6] Deutsche Forschungsgemeinschaft. Guidelines for Safeguarding Good Research Practice. Code of Conduct. 2019, https://doi.org/10.5281/zenodo.3923602 [Titel anhand dieser DOI in Citavi-Projekt übernehmen] . Nützliche Links Chemotion. https://chemotion.net/ (accessed 02/19/2023). Chemotion ELN Documentation. https://chemotion.net/docs/eln/ (accessed 02/19/2023). Chemotion Repository. https://www.chemotion-repository.net/welcome (accessed 03/14/2022). Molecule Archive of the Compound Platform. https://compound-platform.eu/home (accessed 03/14/2022).
Was sind Normdaten?Das Tutorial erklärt grundsätzlich, was Normdaten sind und wie sie im Bezug auf Forschungsdaten genutzt werden können. Zudem werden Normdaten für verschiedene Entitäten und von verschiedenen Anbietern thematisiert und ihr Potential für das Semantic Web erläutert.
NFDI4Ing Community Meeting CC-42 2022: Überblick zu NFDI & NFDI4IngEine kurze Einführung in die Nationale Forschungsdateninfrastruktur (NFDI)und die Nationale Forschungsdateninfrastruktur für Ingenieure (NFDI4Ing). A short introduction to the (German) National Research Data Infrastructure (NFDI) and the National Research Data Infrastructure for Engineers (NFDI4Ing).
FAIR Data Infrastructure for AgrosystemsThe consortium FAIRagro (launched 2023) focuses on the domain of agrosystem research to enable researchers a FAIR and quality-assured research data management (RDM) to generate, publish and access relevant data, innovative RDM services and modern data science methods to support and advance our community.
This Poster was shown at the CoRDI conference 2023 in Karlsruhe (booth poster)
DAPHNE4NFDI. DAta from PHoton and Neutron ExperimentsDAPHNE4NFDI is the first (inter-)national attempt to bring together users and large-scale research facilities to create a comprehensive infrastructure to process research DAta from PHoton and Neutron Experiments (DAPHNE) according to the FAIR principles. Our community faces a common need for high-level, rapid data analysis and the challenge of implementing research data management for increasingly large and complex datasets. All this involves not only a broad range of scientific disciplines and stakeholders, but also the connection to complex instrumentation and IT. Within the talk, Lisa Amelung would like to inform about the DAPHNE4NFDI consortium and discuss (current) challenges and future tasks.